В 1855, во время Крымской войны, отец Парфений был помощником благочинного. Под огнем неприятеля он исповедовал и причащал раненых и отпевал павших. За личный героизм был награжден наперсным крестом на георгиевской ленте. После Крымской войны отец Парфений успешно внедряет свой способ «очень удобного и дешевого подъема затопленных в Севастопольской бухте кораблей». 20 марта 1857 отец Парфений за личное мужество и незаурядные изобретения был награжден наперсным крестом от святейшего Синода, а 7 апреля возведен в игумена.