В годы войны монастырем управлял игумен Павел (Горшков). После войны игумен был обвинен в пособничестве германским властям и арестован; умер в «Крестах».
С 1949 года по 1954 год наместником был архимандрит Пимен (Извеков), впоследствии Патриарх Московский и всея Руси.
28 июля 1959 года Указом Святейшего Патриарха Алексия наместником был назначен игумен Алипий (Воронов) (в 1961 году возведен в сан архимандрита), — до 12 марта 1975 года усердно трудившийся в деле восстановления и сохранения Псково-Печерской обители. Алипий не позволил закрыть монастырь в тяжелые для церкви годы хрущёвской отт