В здании закрытого Покровского храма собирались устроить пионерский клуб, поэтому разрушили колокольню. Однако вскоре началась Великая Отечественная война, Крым был оккупирован немцами, которые, для того чтобы расположить к себе население, часто открывали православные храмы. В Судакской церкви тоже возобновились Богослужения. Но после освобождения города советскими войсками в 1944 году вдруг оказалось, что храм не зарегистрирован, в нем нет священника, поэтому он снова перестал быть действующим.