Во время Великой Отечественной войны в пещерах монастыря размещался штаб 25-ой Чапаевской дивизии Приморской армии. В июне 1942 года солдаты этой дивизии на Инкерманских высотах сдерживали врага, рвавшегося к Севастополю.

С 1991 года трудами настоятеля архимандрита Августина (Половецкого †1996), братии и мирян началось постепенное возрождение монастыря, были восстановлены храмы и келейные корпуса. Из Киева была передана частица мощей от честной главы святого священномученика Климента; рака со святыми мощами установлена в боковом нефе Свято-Климентовского храма.