Дважды, в 1577 и 1610 годах, шведы захватывали остров. Коневские иноки вынуждены были покинуть монастырь и обосноваться в Деревяницком Воскресенском монастыре под Новгородом. После разорения в 1610 году остров Коневец до победоносного для России окончания Северной войны находился под шведским владычеством, собор был практически разрушен.