7 / 20 мая 1990 г. изуродованное здание собора возвращено Церкви. Сразу начались восстановительные работы. С 1993 г. Феофания стала скитом Покровского женского монастыря. 17 / 30 августа 1998 г. Пантелеимоновский собор освящен архиерейским чином (впервые за 90 лет существования). Строится Благовещенский храм.
27 мая / 9 июня 2002 г. обитель стала самостоятельной.