В 1993 году обитель открыли как скит Киево-Печерской Лавры. Скитоначальником был назначен Архимандрит Исаакий (Андроник). В этом же году, 4 октября по новому стилю, были обретены мощи преподобного Алексия Голосеевского и открыт домовой храм в честь преподобного Иоанна Многострадального. В 1996 году, согласно решению Священного Синода, Голосеевская пустынь стала самостоятельным монастырем. В ней восстановлены храм в честь иконы Божией Матери, именуемой «Живоносный Источник», и монашеское кладбище; на месте бывшего митрополичьего дома построена новая церковь...