В 1850 году была возобновлена монашеская община с учреждением Успенского пещерного скита. К началу XX века на территории обители было пять храмов: Успенский пещерный храм, пещерный храм св. евангелиста Марка, храм свв. Константина и Елены, кладбищенский храм св. Георгия-Победоносца, церковь св. Иннокентия Иркутского. Кроме того, были сооружены несколько братских корпусов, дом настоятеля, дома для паломников, устроены фонтаны и фруктовый сад, где в 1867 году была построена Гефсиманская часовня. В монастыре проживало более 60 человек монахов и послушников.