Лет через десять ее обновили, а в 1801 г заменили на новую деревянную, вмещавшую 500 человек. С 1753 года этот храм находился в ведении Адмиралтейств-коллегии, а в 1826 г. его, как все военно-крепостные храмы передали на баланс Военного ведомства.
К середине XIX века размера церкви оказалось недостаточно и тогдашний кронштадтский военный губернатор, вице-адмирал Казакевич подал прошение о строительстве каменного собора.