8 мая 1903 года собор посетил император Николай II с императрицами Александрой Фёдоровной и Марией Фёдоровной, великие князья Михаил Александрович, Владимир Александрович, Алексей Александрович, а также многочисленная свита. В этот же день о. Иоанном Кронштадтским в присутствии императора Николая II на Якорной площади был заложен Никольский Морской собор.