Будучи долгое времени в запустении, обитель все-таки оставалась под прицелом ученых, поскольку она представляет собой древний, уникальный в археологическом плане памятник прошлого. С 1991 года здесь начались масштабные исследования, проводимые сотрудниками отдела Киев подземный Музея истории г. Киева. Помощь в расчистке подземных пещер от мусора и завалов оказывали не только энтузиасты, но и многие монастыри Киева.