После кончины Преподобного Арсения (1447 год, память 12 июня по старому стилю) монастырь, расположенный близ границы русских и шведских владений, неоднократно подвергался разорениям. Обитель восстанавливалась благодаря попечительству государей Василия III, Иоанна IV Грозного, Феодора Иоанновича и Бориса Феодоровича. В конце царствования Иоанна IV был построен новый величественный каменный собор.