После своего назначения 20 августа 1858 года на должность настоятеля Кизилташского монастыря отец Парфений занялся преобразованием обители. На фотографии начала ХХ века изображен монастырь, построенный благодаря его трудам.

22 августа 1866 года игумен Парфений был убит татарами во время возвращения из Судака в монастырь. Военно-полевым судом трое причастных к убийству были приговорены к смертной казни.