В 1884—1894 годах настоятелем монастыря был архимандрит Пимен (Гаврилов), автор лучшего исторического описания Коневского монастыря. В последний период строительной деятельности в монастыре, при игуменах Макарии (Иванове, 1895—1907) и Никандре (Сапрыкине, 1908—1919) были построены новое подворье на Большой Охте (1899—1907, храм не сохранился) и часовня во имя Успения Пресвятой Богородицы (1899) у места отдохновения Преподобного Арсения.