В 1715 году вдалеке от города, там, где сейчас стоит эта церковь, были основаны Охтинские пороховые заводы. В 1717 году на их территории была построена деревянная часовня, освящённая во имя святого Илии Пророка. В 1721 году часовня была разобрана и на её месте началось строительство деревянной церкви Илии Пророка, освящённой в 1722 году. В 1742—1743 годах деревянная церковь была заменена более широкой деревянной, но уже на каменном фундаменте, церковью Илии Пророка.