После рукоположения был направлен в Кронштадт — место административной высылки ассоциальных личностей и многочисленных нищих и чернорабочих[25]. В Кронштадте о. Иоанн «стал посещать лачуги, землянки и бедные квартиры. Он утешал брошенных матерей, нянчил их детей, пока мать стирала; помогал деньгами; вразумлял и увещевал пьяниц; раздавал все свое жалованье бедным, а когда не оставалось денег, отдавал свою рясу, сапоги и сам босой возвращался домой в церковный дом»[26]. Это привело даже к тому, что одно время его жалование выдавалось не ему, а его жене[26].