Екатерининская церковь построена на остатках храма средних размеров времен Киевской Руси на территории укрепленного места Чернигова, известного под названием Третьяк. Храм был освящен Архиепископом Стаховским в 1715 году в честь святой Екатерины. За счет выгодного месторасположения, некоторое время служил функцией укрепленного фортификационного узла вблизи главной крепости Детинца. Церковь построена в память о героизме Якова Лизогуба и казаков черниговского полка, проявленном ими при штурме турецкой крепости Азов в 1696 году.