В 1907 году был заложен фундамент наземного Свято-Николаевского храма, однако строительство так и не было завершено. Постепенно были укреплены все пещеры и достроены еще несколько церквей, а самый древний пещерный храм был расширен и освящен во имя Преподобного Феодосия Печерского. Монахи активно занимались хозяйственной деятельностью: монастырю были переданы во владение два подворья и часовня в Киеве, были организованы две малые обители в Умани.