Находясь на границе между Россией и Ливонией, где владычествовали немцы, обитель не раз подвергалась разорению со стороны немцев, лифляндцев, шведов, поляков. Московское правительство, ввиду важного военного положения монастыря, укрепило его крепостными стенами.