Через семь лет после освящения первой церкви основатель монастыря преподобный Иона с миром отошел ко Господу. После смерти на нем нашли вериги - глубоко вросший в тело железный панцирь. Погребли отца Иону в Богом зданной пещере, а панцирь повесили над гробом (панцирь исчез после первого разорения монастыря лифляндцами).

Место отца Ионы заступил священноинок Мисаил, который устроил на Святой горе общежительный монастырь. Построил келий и деревянную церковь во имя преподобных Антония и Феодосия Киево-Печерских.