В первой половине XVI в. Спасо-Елеазаровский монастырь сделался центром духовной жизни. В эти годы в обители подвизался старец Филофей (ок. 1465-1542) — летописец и мыслитель, автор канона на обретение мощей князя Всеволода Псковского и посланий великому князю Московскому Василию III. С именем старца связана знаменитая формула: «Москва — третий Рим». В этот же период в Елеазаровском монастыре было составлено житие прп. Евфросина, проведено редактирование Псковской 2-й летописи, а также переписан экземпляр «Слова о полку Игореве», попавший впоследствии к Мусину-Пушкину.