Много хорошего сделал отец Иоанн и для своей северной родины, где на его средства был основан Иоанно-Богословский женский монастырь в селе Сура, возведены и отреставрированы многие храмы в Архангельске и других местах севера России. Но большая часть его жизни была связана с Кронштадтом и Петербургом. В Кронштадтском Андреевском соборе он отслужил свою последнюю службу и скончался 20 декабря 1908 г. (2 января 1909 г. по новому стилю).