В конце XVI века, во время неудачной для России войны Ивана Грозного со шведами, Коневецкий монастырь, как и Валаамский, был уничтожен. Спустя несколько лет была предпринята попытка его возрождения, но при Василии Шуйском монастырь был разрушен вторично. Братия переселилась в новгородский Деревяницкий монастырь, а остров Коневец запустел на долгие 100 лет. Только победы Петра I над шведами позволили восстановить Коневецкий монастырь. С 1718 года на острове возобновилась монашеская жизнь. Первое время после восстановления Коневецкий монастырь существовал как приписной к новгородскому Деревяниц