В 1968 году собор был взят под охрану Государственной инспекцией по охране памятников при Главном архитектурно-планировочном управлении, а 20 июля 1970 года было принято решение об организации филиала музея «Исаакиевский собор» в здании бывшего храма Спаса-на-Крови. Передача храма-памятника на баланс музея состоялась 12 апреля 1971 года. Большую роль в этом событии сыграл директор музея «Исаакиевский собор» Георгий Бутиков. К этому времени собор находился в аварийном состоянии и требовал срочной реставрации.