Церкві протягом її багатовікової історії дошкуляли численні пожежі, повені, пошесті, навали іноземних завойовників. Часто храм горів і грабувався, однак у церкві все ж збереглися священні реліквії. Перебуваючи у Львові антіохійський патріарх Йоахим благословив храм часткою мощів святого Миколая. А ще до святинь, що ними донині пишається церква, належить ікона святого Миколая Чудотворця, на якій він зображений у ризах візантійського взірця на золоченому тлі.