Учёный из отряда FOXHOUND подбирает труп и проводит на нём испытания по созданию киборгов. На протяжении четырёх лет происходят эксперименты, и в итоге профессору удается создать невидимого робота-ниндзя(Cyborg Ninja), усиленного экзоскелетом и мощной высокочастотной катаной. Все эти операции проводились на Shadow Moses. Фактически Грей Фокс получил второе рождение, но единственной целью его существования стала встреча со Снейком.