Во время Великой Отечественной войны не был мобилизован в Красную армию, так как покалечил ноги на тяжёлых работах в лагерях . Находился на оккупированной территории. 8 февраля 1942 был рукоположен (целибатом, то есть в безбрачном состоянии) в сан диакона митрополитом Сергием (Воскресенским), находившимся в юрисдикции Сергия Страгородского. С 15 февраля 1942 — священник. В 1942 окончил богословские курсы, служил священником в Свято-Троицком женском монастыре в Риге (до 28 апреля 1942). Затем, до 16 мая 1943 являлся уставщиком в Свято-Духовском монастыре в Вильнюсе.