Верхний храм был освящен строителем монастыря иеромонахом Иларионом (Кириллов, 1807-1823). Отец Иларион выстроил в камне главную монастырскую усадьбу. В 1813—1815 годах на месте деревянной церкви во имя Святителя Николая в юго-восточной части монастырского каре был устроен новый, сохранившийся доныне, больничный и кладбищенский храм. Во имя Святителя Николая была освящена также часовня, встречавшая паломников на пристани (1815). Отец Иларион составил ставший образцовым для многих русских обителей общежительный устав монастыря и службы Преподобным Арсению Коневскому, Сергию и Герману Валаамским