В 1950 году по приказу Л. Берия все постройки монастыря были взорваны, в скалах были проложены тоннели и на территории монастыря расположился ядерный арсенал Черноморского флота (12 ГУМО), где производилась сборка и хранение ядерных боеголовок.[2][3] В 1992 году ядерные боеприпасы были вывезены из Кизилташа.