В 1583 году подписанием невыгодных для России Ям-Запольского и Плюсского перемирий Коневец отошёл Швеции. В 1594г. удалось договориться со шведами и вернуть ряд территорий, в том числе, и монастырский остров, но ненадолго - всего лишь на 18 лет.

Ход второй войны со шведами лишил монахов острова на 100 лет. Братия, предчувствуя долгие бурные лихолетия, скрыла раку с мощами своего первостроителя, поместив её под спудом собора. Мощи преподобного Арсения обрели совсем недавно - в ноябре 1991 года.