Летопись университета Коимбры берет начало в далеком 1537 году. Король Жуан III Благочестивый решил отделить влиятельное лиссабонское учебное заведение от места власти, и Лиссабонский университет переехал в Коимбру.

С той поры власть в городе принадлежит студентам и сотрудникам университета. С их традициями и нуждами считаются и уважают их на протяжении веков.