И вот в 1991 г. начинается возрождение Свято-Климентовского монастыря, сюда вновь возвращаются иноки. Возрождению монастырь во многом обязан архимандриту Августину (в миру Александру Половецкому), уроженцу Севастополя. Его стараниями в древнем храме перед расписанным им самим иконостасом затеплились лампады.


В монастырском дворике у подножия скалы погребены трагически погибшие 13 сентября 1996 г. архимандрит Августин и иеромонах Агапит.


Ныне действующими являются древние пещерные храмы: Климентовский, Мартиновский и Андреевский.