Впоследствии монастырь пришел в запустение вследствие землетрясений и мусульманских притеснений, однако снова был восстановлен, затем, вероятно, был разрушен в 1009 г. по приказу «сумасшедшего» халифа Хакима. Сооружения монастыря окончательно обрушились вследствие землетрясения 1033/4 г. После еще более мощного землетрясения 1160 г. в Вифлееме, начались, в первую очередь, в базилике Рождества в Вифлееме, масштабные восстановительные работы, производившиеся, в основном, на средства византийского императора Мануила I Комнина (1143-1180). В то же время был заново отстроен и монастырь Илии Пророка