В годы войны в монастыре располагалась база партизанского отряда. В ходе боев на территории монастыря здания практически не пострадали. Это дало возможность использовать их вновь министерством обороны в качестве санатория. В 1950 г. здания монастыря были взорваны и на этом месте "врагами народа" под руководством московского метрополитена был устроен в горах ядерный арсенал Черноморского флота.