Основоположником Гнилецких пещер был преподобный Феодосий Печерский. Известно, что перед Великим постом святой уходил из Лавры и, тайно от братии, уединялся здесь для молитвы, засыпав вход в пещеру землей. Уже впоследствии его подвиг стало повторять все больше монахов, и на этом месте образовалась целая пещерная обитель.