Восстановление монастыря началось в первой половине 19 века. Ректор Киевской Духовной Академии архимандрит Иннокентий, впоследствии ставший Святителем Херсонским, инициировал частичное открытие пещер для посещения (1830 год). Непосредственное функционирование обители, а именоваться она стала Скит Пречистой, началось в 1900-1902 годах. Под руководством старца Мануила, которого наставляли Преподобный Варнава Гефсиманский и Святой праведный Иоанн Кронштадтский, иноки, перенося лишения и муки, камень за камнем восстанавливали обитель.