Основание монастыря относится, вероятно, к VI веку. По мнению епископа Мефодия (Кульмана), Мар-Элиас был основан аввой Анастасием в V веке и уже тогда связывался с местом отдохновения Илии Пророка. С этой версией согласуется предание, согласно которому в монастыре был похоронен иерусалимский патриарх Илия I (494-516). Возможно, разговорное название монастыря «Мар-Элиас» восходит именно к этому патриарху, а привязка к Илии Пророку возникла апостериори.