Собор был усыпальницей князей, бояр и епископов. Под храмом есть 6 великокняжеских, 2 епископские и много гробниц знатных лиц. Здесь похоронен и строитель храма князь Мстислав. Он был разорен полчищами Батыя и снова восстановлен. В первой половине XV века опустошен, а в конце века стараниями Владимирского епископа Васиана отстроен. Пострадал храм и в межконфессиональной борьбе между православными и униатами, испытывая неудачные перестройки. В 1596 г., когда владимирский епископ Ипатий Потей принял унию, храм стал униатским.