В 1809-1854 годах монастырь активно строился и превратился в крупную обустроенную обитель.

В настоящее время значительная часть монастырского комплекса находится на территории воинской части Черноморского флота России. Церкви передана лишь нижняя часть, спускающаяся к морю. За пределами современного монастыря остались монастырское кладбище, в том числе могилы знаменитых митрополитов Хрисанфа Новопатрского и Агафангела Типальдо – настоятелей монастыря конца XVIII – начала XIX в., монастырская колокольня, храм святого Воздвижения.