Мощи святого Климента, обретенные через год после его кончины, хранились сначала в подводном гроте близ Херсонеса (где были обретены), доступ в который открывался, по преданию, раз в год, когда — в день смерти праведника — море отступало; потом они были перенесены на небольшой остров (ныне — Казачий остров) посреди бухты, на котором, согласно преданию, руками ангелов была построена церковь.