На острове Коневец тем временем царило запустение; в монастырских постройках обосновалась военно-морская часть. В 1990 году монастырь был возвращен Санкт-Петербургской епархии. 28 мая 1991 года на остров прибыл как наместник монастыря архимандрит Назарий (Лавриненко), назначенный митрополитом Санкт-Петербургским и Ладожским Иоанном (ныне о.Назарий — благочинный монастырей Санкт-Петербургской епархии, наместник Свято-Троицкой Александро-Невской лавры). В ноябре 1991 года под полом нижнего храма были обретены мощи Преподобного Арсения — главная святыня монастыря.