Во время Первой обороны Севастополя в Крымской войне в 1854—1855 годы в кельях, доме паломников и других строениях монастыря размещался госпиталь. Умерших от ран хоронили на монастырском кладбище.

В 1921 году монастырь был закрыт советскими властями. Имущество монастыря разграблено, монахи расстреляны.