Согласно легенде, церковь основал сам святой Франциск Ассизский, который скончался в 1226 году, и буквально спустя 2 года его причислили к лику святых. Базилика Санта-Кроче по форме напоминает египетский Т-образный крест, являясь крупнейшим в Италии францисканским храмом, построенным в готическом стиле.