В 1630–1640-х гг. митрополит П. Могила основал Софийский монастырь, и с этого времени началась реставрация Софии. В 1685–1707 гг. собор перестроили в формах украинского барокко, территория была ограждена каменной стеной, построена колокольня, начата регулярная каменная застройка усадьбы, продолжившаяся в XVIII–XIX вв.