Был женат, но детей не имел; согласно его «Краткому житию» в официальном изданиии Московского Патриархата, супруги «приняли на себя подвиг девства»[16][17]. Его супруга — Елизавета — дочь протоиерея кронштадтского Андреевского собора Константина Несвицкого. Первое официально составленное (по благословению священноначалия Русской Зарубежной Церкви) «Житие» (1964) говорило, что «брак о. Иоанна <…> был только фиктивный, нужный ему для прикрытия его самоотверженных пастырских подвигов.»[18]
Супруги воспитывали, как своих детей, двух дочерей сестры Елизаветы Константиновны