В начале 1906 г. отец Варнава тяжело занемог. Предчувствуя близкую кончину, он в последний раз посетил основанную им Иверско-Выксунскую женскую обитель и Петербург. В Петербурге старец провел два дня, встречаясь со своими любимыми «детками», благодаря их за любовь к нему и благодеяния обители Иверской, прося их не оставлять ее впредь своей помощью. В те дни Василий Николаевич и Ольга Ивановна в последний раз видели своего духовного отца. 17 февраля старец почил о Господе.