После этого история монастыря теряется в гуще событий вплоть до середины XI столетия. Тогда монастырь был разрушен или же сильно опустошён. Грузинский царь Баграт IV Куропалат, на свои средства, по благословению преподобного Евфимия Святогорца и стараниями грузинского монаха Георгия-Прохора возродил монастырь Святого Креста.