Настоятелем Никифором, весьма энергичным и деятельным, в 1643 году была предпринята попытка реставрации церкви монастыря с восстановлением купола, алтаря и иконостаса. Настенные росписи церкви там, где имелись особенно сильные повреждения, были обновлены, был также написан ряд новых икон.

Однако спустя несколько лет после последней реставрации только небольшое число иберийских монахов оставалось в монастыре. Даже сам настоятель большую часть времени жил в Иберии. Деньги, высланные из Иберии для оплаты долгов монастыря, были потеряны по пути, и монастырем завладели кредиторы.